另外，条约还规定两大汗国必须在内部实行分封制。汗王之下设旗部，旗部之主的册封、继承，同样需要得到大明天子的恩准。
最后，条约还规定了察哈尔汗国和土默特汗国将各自供奉一名大呼图克图为黄教领袖，而这两位大呼图克图的转世都必须在大明朝廷的监督下进行，并且在正式坐床之前得到皇帝册封。